巧克力囊肿对女性生育能力是有影响的，这个时候如果不处理的话女性怀孕几率会降低，还可能发生卵巢早衰，因此部分女性还是要选择做巧克力囊肿手术，不过巧克力囊肿手术也是有利弊的，女性在选择手术之前最好是了解清楚其中的危害有哪些。